Aunque los ingresos por servicios de transporte han aumentado, estos no han sido suficientes para equilibrar los costos operativos. En total, la empresa registró una pérdida operativa superior a los 3 mil 649 millones de pesos, sin considerar los subsidios que recibe para compensar la falta de recursos propios.El deterioro financiero se acentuó respecto a 2024, cuando las pérdidas eran de 7 millones de pesos diarios.
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Aumento en gastos operativos
La principal causa del desbalance económico radica en el incremento de los costos de operación, particularmente en servicios generales, los cuales se duplicaron durante el último año. En contraste, el crecimiento de los ingresos no ha seguido el mismo ritmo, lo que ha impedido alcanzar un punto de equilibrio.
El director general del proyecto, Óscar David Lozano Águila, reconoció que existe un área de oportunidad en atraer a turistas internacionales, quienes utilizan menos este medio de transporte pese a que el proyecto fue concebido como un atractivo global.
Actualmente, el mayor flujo de usuarios corresponde a turistas nacionales y habitantes del sureste, lo que implica menores ingresos en comparación con visitantes extranjeros.
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Además del desempeño financiero, el Tren Maya enfrenta críticas por daños ambientales atribuidos a su construcción y operación. Organizaciones civiles han documentado afectaciones a ecosistemas del sureste, mientras que la Organización Nacional de Responsabilidad del Estado promovió una demanda colectiva contra diversas empresas y entidades involucradas en el proyecto.
El monto estimado por daño ecológico asciende a 572 millones de pesos.
El Tribunal Internacional de los Derechos de la Naturaleza determinó previamente que el proyecto incurrió en ecocidio y etnocidio, señalando violaciones a los derechos de la naturaleza y de los pueblos mayas.
Aunque autoridades federales han reconocido afectaciones, no se ha detallado el alcance total de los daños ni se ha presentado públicamente un plan integral de remediación ambiental.